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seq = "ATAGCTGCCGATCGAGTAACCTAGAACGATCGATCGATCGGATACTAGGAATTCTAGCTAGCCGTAGCTAGGGATCGCCTAAAGTCGATGCTAATTAGCTATAACGGCTGAATTCTAGCTAGCCTTAAGCTAGCATAGCTAACTAGTAGCTAGAATTCTAGGGCTAATAGCTAGCTAGTAGCTTTATAACGCGATCGGATCG"
pattern = "GAATTC"

seq1 = [char for char in seq]
pattern1 = [char for char in pattern]

list = []
match_streak = 0

first_hit = []
where = []
occurances = 0

i = 0
while i < len(seq1):
    """ Wenn das gesamte pattern getroffen wird, speichere
        den ersten Wert falls nötig, hänge an die Liste where
        eine Liste mit dem ersten und letzen Index des Treffers
        an. Danach setzt die match_streak und list zurück und
        erhöhe occurances um 1. """
    if match_streak > len(pattern1) - 1:
        if not first_hit:
            first_hit = list
        where.append([i - len(pattern1), i - 1])
        list = []
        match_streak = 0
        occurances += 1

        """ Wenn der Wert von seq1 an der Stelle i dem gesuchten Muster
        and der Stelle match_streak entspricht hänge diesen Wert an
        list an und erhöhe match_streak. """
    if seq1[i] == pattern1[match_streak]:
        list.append(seq1[i])
        match_streak += 1
        """ Falls der Wert nicht dem gesuchten Muster entspricht, setzt
        list und match_streak zurück. Im Falle, dass der aktuelle Wert
        dem Anfangswert des Musters entspricht, erhöhe i nicht um die
        while Schleife mit dem Anfangswert erneut zu starten. """
    else:
        list = []
        match_streak = 0
        if seq1[i] == pattern1[0]:
            continue

    i += 1

print(occurances)
print(first_hit)
print(where)